Nằm ở vùng địa thế đẹp, ven sông Chảy, nơi đầu nguồn chảy vào hồ Thác Bà, một bên là núi Hắc Y (Áo Đen), thế đất tựa núi cạnh sông hợp phong thủy. Có nhiều truyền thuyết núi này về một vị thần rắn, áo đen giúp Vua Hùng đánh giặc. Một truyền thuyết nữa thì lại cho rằng, thần Hắc Y là tướng nhà Trần, sau khi đánh giặc thì về đây hóa. Các nhà khảo cổ đã tìm thấy di tích Bến Lăn ven sông có cả các chân đá tảng trang trí hoa sen, đường kính khoảng 70cm, nhiều gạch ngói của một phế tích thời Trần. Phế tích tháp Hắc Y xây ven sườn núi, thuộc loại đất nung như dạng tháp Lý, Trần của miền châu thổ: Những Long Đọi Sơn (Hà Nam), Chương Sơn (Vĩnh Phúc)... Tháp đã đổ nhưng có thể giả định là đến 9 tầng. Đã có tháp là có chùa, chắc chùa Hắc Y phải lớn lắm, các di tích gạch ngói, đất nung trong lòng đất mách bảo ta điều đó. Còn dấu tích của một đoạn bờ lũy được xếp đá đã cho thấy có công trình phòng thủ nơi đây. Kết hợp với địa danh, những tên địa phương như bãi Quần Ngựa, đấu Đong Quân... dễ làm cho du khách liên tưởng đến một đại bản doanh quân sự nào đó. Vì thế, có nhà khoa học cho rằng, quần thể này là “Hoàng Thành” của Yên Bái.

Các hiện vật bằng đất nung khai quật được ở quần thể di tích Hắc Y.

Có thể di vật ở vùng này có đầu chim phượng đất nung, đầu rồng, voi, lân, uyên ương, chim thần Garuđa... và các vật liệu kiến trúc như gạch, ngói, đá, đất nung hình lá đề, lá sen, cúc dây rải khắp 5 cây số vuông, đã cho thấy một tầm cỡ lớn lao của cụm di tích mà các nhà khoa học cho rằng thuộc thời Trần. Đặc biệt, có 2 bài minh văn chữ Hán khắc vào tháp đất nung có nói đến một người tên là Hoàng Lục Thiện cung tiến cho chùa Thượng Miện 40 tòa tháp Cửu Phẩm Liên Hoa. Vậy chùa xưa đã có tên là Thượng Miện, có căn cứ chính xác. Khảo cổ học chưa đào được hết 40 tòa tháp này, nhưng đã thấy dấu tích của 14 tháp đất nung trong lòng đất. Có 8 móng tháp nguyên vẹn, gồm nhiều tháp nhỏ quây quanh một tháp lớn. Nơi đây còn tìm thấy dấu tích của lò nung, chứng tỏ nhiều cổ vật đất nung được nung tại chỗ, nguyên liệu địa phương, chỉ có phong cách là theo mô-típ của Thăng Long. Từ cách bố trí mặt bằng của tháp, có thể hình dung được một con đường thần đạo của chùa. Các di vật đều có dáng dấp gần gũi với di vật Hoàng Thành, như một bản sao, nhưng không trau chuốt bằng. Tuy nhiên, nơi đây không thể là cơ ngơi của bất kỳ vị vua nào trong lịch sử.

Bên cạnh phế tích Bến Lăn, chùa tháp Hắc Y là đền Đại Cại. Hằng năm vào tháng Giêng âm lịch, các dân tộc vùng này mở hội ở đền như hội Lồng Tồng của người Tày. Dường như ngôi đền này mang sắc thái thờ thần thiên nhiên sơ khai của các dân tộc, nhưng theo truyền thuyết thì đền được xây dựng thời Lê Trung Hưng, thờ bà Vũ Thị Ngọc Anh, một nữ tướng giữ đến chức Tổng binh. Bà có công đắp lũy xây thành chống lại nhà Mạc. Tuy nhiên, danh tính của bà còn là một ẩn số, vì chính sử không thấy chép lại. Ngôi đền Đại Cại còn có sắc phong của triều Nguyễn và được xếp hạng Quốc gia năm 2001.

Nếu như Đại Cại là di tích đền còn nhiều dấu tích tín ngưỡng cổ, thì cụm di tích chùa tháp lại mang dấu ấn rõ nét thời Trần. Khảo cổ học căn cứ vào sự so sánh giữa khối hiện vật và trang trí hoa văn mới thấy một phong cách Trần ảnh hưởng từ vùng lõi là kinh đô Thăng Long lan tỏa đến nơi đây.

Tại sao văn minh Phật giáo lại đến vùng Lục Yên? Có ý kiến cho rằng, Chiêu Văn Vương Trần Nhật Duật (1255-1330) đã từng đóng bản doanh ở đây. Bởi ông được đi trấn thủ các vị trí trọng yếu vùng biên giới phía Bắc, lúc thì ở châu Đà Giang (miền Sơn La), lúc lại ở vùng Thu Vật (Tuyên Quang). Ông đã có công dẹp nhiều tù trưởng ly khai với triều đình Trung ương. Có người cho rằng, đây chính là nơi mà sách sử gọi là Thu Vật. Vì khi đó, địa giới các tỉnh không rõ ràng như bây giờ. Vùng Lục Yên lại giáp ngay với Tuyên Quang.

Tuy nhiên, nếu theo như lô-gic của thời Lý, Trần thì chính những người xây chùa chiền nhiều lại là các vị hoàng hậu, công chúa. Chính sử chép, Nguyên phi Ỷ Lan thời Lý chuộng đạo Phật, đã cho xây chùa khắp nơi. Một số công chúa thời Lý được gả chồng cho tù trưởng địa phương trong chính sách thời Lý để biến thủ lĩnh địa phương thành phò mã, gìn giữ biên cương, cũng là người hay cho xây chùa, thậm chí cuối đời lại đi tu. Trong chính sử còn ghi: Công chúa Khâm Thánh được gả cho Châu mục châu Vị Long là Hà Di Khánh. Vị trí của châu này cũng có một phần của đất Tuyên Quang gần với vùng Lục Yên. Dẫu sao, đấy cũng vẫn là câu hỏi chưa thể trả lời được.

Trong di sản của quần thể chùa tháp Hắc Y có nhiều nét văn hóa Chăm của miền Trung như hình tượng chim thần Garuđa, vũ nữ múa hát, bệ đá đất nung... Rõ ràng, chính quần thể kiến trúc Phật giáo Hắc Y đã có bàn tay tài khéo của người Chiêm Thành xây dựng nên. Và như thế, niên đại mở đầu của khu di tích có thể sớm hơn thời Trần, mà vào thời Lý, thậm chí sớm hơn ít ra 170 năm so với đoán định của nhiều nhà khoa học hiện nay.

Mọi giả thuyết vẫn còn là... giả thuyết. Nhưng ít ra sự tồn tại của một trung tâm Phật giáo như Hắc Y cũng đủ thấy sự tỏa sáng của văn minh Đại Việt ở vùng sâu ra sao. Và tầm nhìn chiến lược bảo vệ biên cương của các vị vua Lý, Trần quả là đáng khâm phục.