Tiền thân là Phân đội cơ động tàu thuyền được thành lập ngày 15-12-1975, trải qua 40 năm xây dựng và trưởng thành, Hải đội Biên phòng 2, BĐBP thành phố Đà Nẵng đã phát triển lớn mạnh về mọi mặt.

Đặc biệt, từ năm 1986 đến nay, đơn vị đã tổ chức xuất kích hàng ngàn lượt tàu với hàng trăm hải lý làm nhiệm vụ tuần tra nắm tình hình, kiểm soát quản lý bảo vệ chủ quyền vùng biển kết hợp với hộ tống thăm dò dầu khí và thai thác hải sản; bắt và xử lý 65 tàu/743 ngư dân nước ngoài xâm nhập trái phép theo quy định, hiệp định quốc tế.

Bên cạnh đó, Hải đội Biên phòng 2 còn tham gia giúp ngư dân phòng chống lụt bão, cứu hộ cứu nạn, tổ chức nhiều đợt hành quân dã ngoại, làm công tác dân vận tại các xã miền núi của huyện Hòa Vang.